Organisasi LDII pertama kali berdiri pada tahun 1972 dengan nama Yayasan Lembaga Karyawan Islam (YAKARI). Pada Musyawarah Besar (Mubes) tahun 1981 namanya diganti menjadi Lembaga Karyawan Islam (LEMKARI), dan pada Mubes tahun 1990 sesuai arahan Jenderal Rudini sebagai Menteri Dalam Negeri (Mendagri) waktu itu, nama LEMKARI yang sama dengan akronim Lembaga Karate-Do Indonesia diubah menjadi Lembaga Dakwah Islam Indonesia (LDII).